Por la situación de la población fronteriza con la zona selvática de Darién que aquel entonces amenazaba en el Río Bayano, Chepo hubo de sufrir por una u otra causa una serie de ataques, unas veces Cimarrones, otras de indios alzados y por último de piratas que comenzaron a ensañarse con esta indefensa población.
En 1675 tiene lugar la primera toma del poblado por 120 corsarios al mando del Capitán francés La Sound. La conquista fue por breve espacio de tiempo, ya que muy pronto el Sargento Mayor, D. Alonso de Alcaudele rechazó a los piratas.
Tres años más tarde en 1678 otra expedición francesa al mando del pirata Bournano, consigue tomar Chepo por segunda vez saqueándolo. Fueron ayudados esta vez por los Cimarrones.
En 1679 Bartholomew Sharp, John Watling y Eduard Bullman, se apoderan nuevamente de Chepo, quemando el poblado y llevándose todo cuanto encontraran, torturando a los principales habitantes para que les diesen la plata que creían tenia econdida.
En abril de 1685 tuvo lugar una verdadera concentración de más de mil piratas en el archipiélago de Las Perlas, sobre todo franceses e ingleses, entre los que estaban Jean Rose, Le Picard, Des Marais, L´ Olonois y Ravenao de Lussan, Davis, Grogniet, Swan y Morgan. La idea era atacar a Panamá, pero prefirieron esperar la llegada de los barcos cargados de oro que venían de Perú. Mientras esperaban, para no perder su tiempo decidieron tomar a Chepo, donde no encontraron oposición ni resistencia, desvalijando el pueblo y retirándose más tarde después de quemarlo, cometiendo toda clase de crueldad con los moradores.
La armada española, prevenida, envió el oro en dos embarcaciones por otra ruta y se dirigió con las naves de guerra a presentar batalla a los piratas, destrozando a la mayoría de las embarcaciones de estos, huyendo los que pudieron librarse de los cañonazos.
